La NYP a été construite entre 1901 et 1910 par un prédécesseur de la Pennsylvania Central Transportation Company (Penn Central). La gare d'origine était une vaste structure qui occupait deux rues urbaines. Elle a été l'un des premiers terminaux ferroviaires à séparer les passagers à l'arrivée et au départ dans deux halls. Le plan actuel de la gare, au-dessus des quais et des voies, a été construit à la fin des années 1960, lorsque des parties de la structure ont été rasées pour la construction du Penn Plaza et du Madison Square Garden. La propriété de NYP, qui faisait partie des opérations ferroviaires fournissant des services de transport de passagers sur le corridor nord-est, a été transférée de Penn Central à Amtrak en avril 1976 en vertu de la loi sur la réorganisation des chemins de fer régionaux de 1973.

Actuellement, la NYP comprend trois niveaux principaux, tous situés au-dessous du niveau de la rue : le hall supérieur, le hall inférieur et le quai/les voies. Le hall supérieur comprend des zones d'attente pour les passagers, des services de billetterie, des zones pour les vendeurs et l'accès aux quais par des escaliers, des escaliers roulants et des ascenseurs. Le hall inférieur permet d'accéder aux quais et comprend des zones d'attente supplémentaires ainsi que des services de ventes Le niveau quai/voie est la zone de la gare où les quais permettent aux passagers de monter à bord des trains pour 21 voies. Ce niveau comprend également des sous-stations électriques et d'autres zones occupées par les travailleurs d'Amtrak (p. ex., salle de repos, vestiaires, etc.).

Les services ferroviaires de passagers à la NYP sont assurés par Amtrak, New Jersey Transit (NJT) et Long Island Railroad (LIRR). NJT utilise les voies 1 à 4, Amtrak et NJT se partagent les voies 5 à 14 et LIRR utilise les voies 15 à 21. Fonctionnant 24 heures par jour, 365 jours par an, la NYP est l'installation de transport de passagers la plus fréquentée d'Amérique du Nord. Chacune des 21 voies de la gare est utilisée toutes les 2 minutes, en moyenne, les jours de semaine. La NYP accueille plus de 630 000 passagers à bord de 1 345 trains par jour.

En avril 2016, au cours d'un projet de maintenance technique, des PCB ont été détectés dans des sédiments qui s'étaient accumulés sur la structure en béton de la voie au niveau du quai. Les structures de voie en béton elles-mêmes sont situées à environ 50 pieds sous le niveau de la rue et à 4 pieds sous les quais. Dès leur découverte, les résultats ont été signalés à l'EPA et au New York State Department of Environmental Conservation (NYSDEC) en avril 2016. En communiquant avec l'EPA et le NYSDEC, Amtrak a rapidement entamé le processus d'enquête sur la portée et l'étendue des PCB à la NYP. Amtrak a pris des mesures immédiates pour limiter l'exposition potentielle des travailleurs du site aux PCB, notamment en émettant des avis aux travailleurs, en fournissant des équipements de protection individuelle aux employés travaillant sur le site et en prenant d'autres mesures de protection. Amtrak a également communiqué la situation aux autres compagnies de chemins de fer utilisant la NYP. Des analyses complémentaires ont révélé la présence de PCB dans une grande partie de l'infrastructure ferroviaire. L'échantillonnage et les tests analytiques ultérieurs ont également révélé la présence de PCB dans la poussière qui s'était accumulée sur les luminaires et les conduits au-dessus des quais.

Après l'identification des PCB, Amtrak a lancé des mesures provisoires de restauration pour éliminer ces matériaux de la structure en béton des voies et de la poussière au niveau des quais. Des mesures de surveillance de l'air en temps réel et de contrôle des poussières ont été mises en œuvre pour contrôler et documenter les niveaux de particules en suspension dans l'air pendant les activités de nettoyage des voies et de dépoussiérage, afin de protéger la santé des humains. Le nettoyage des voies comprenait une élimination des sédiments et des matières goudronneuses, suivie d'un lavage des voies entre le 2016 et 2019 avril. Au total, 14 841 pieds linéaires de surfaces de voies en béton montées des voies 1 à 18 ont été nettoyés (y compris la ligne de colonnes). Les déchets générés dans le cadre de ces mesures de restauration provisoires (y compris, mais sans s'y limiter, les sédiments, le béton, le ballast, la poussière et l'équipement de protection individuelle) ont été éliminés en tant que déchets réglementés par la Toxic Substances Control Act (TSCA). Tout au long de ces travaux, Amtrak a fourni à l'EPA et au NYSDEC des mises à jour mensuelles détaillées sur ses activités de nettoyage des PCB.

Parallèlement aux efforts de nettoyage des voies, Amtrak a élaboré un plan de travail pour la réhabilitation (« Remedial Investigation Work Plan » ou « RIWP »), qui a été soumis à l'EPA pour examen et commentaires. Le RIWP a été finalisé en 2018. Depuis 2018, Amtrak a collecté les échantillons et les données analytiques nécessaires pour soutenir une approche de restauration basée sur le risque à la NYP. L'échéancier actuel prévoit la soumission à l'EPA d'un rapport d'investigation et d'évaluation des risques (RI/EA) d'ici à la fin du 2024. Le RI/ER sera également soumis aux commentaires du public. L'objectif de l'assainissement est d'éliminer le sol, les sédiments et le béton contaminés par les PCB afin d'atteindre l'objectif fondé sur le risque qui devra être approuvé par l'EPA conformément au 40. CFR § 761,61(c).