2000

La première rame Acela Express est introduite en service commercial, inaugurant une nouvelle ère du train à grande vitesse. Amtrak propose initialement un aller-retour quotidien entre Washington et Boston avec plus de fréquences ajoutées à l'horaire à mesure que les rames sont livrées. 

Les clients d'Amtrak découvrent une façon encore plus gratifiante de voyager avec le lancement du programme Amtrak Guest Rewards. Cela leur permet de gagner des points qui peuvent être échangés contre des primes-voyages Amtrak, des hôtels, des locations de voiture et plus encore.

2001

À la suite des attentats terroristes de septembre 11, Amtrak devient le principal lien de transport entre New York et le pays lorsque les transports aériens sont bloqués. Des voitures supplémentaires sont ajoutées pour assurer le transport des travailleurs d'urgence, du personnel militaire et des familles des victimes.

Présente une « voiture silencieuse » à presque tous les trains en semaine sur le Northeast Corridor. Les passagers sont priés de limiter la conversation, de parler à voix basse et de ne pas effectuer d'appels téléphoniques. En raison de leur popularité, les voitures silencieuses sont ajoutées à d'autres itinéraires.

2002

Amtrak obtient le deuxième de deux brevets (le premier était en 2000) pour un véhicule d'inspection automatisé de la voie qui permet à Amtrak de mieux identifier le type et l'emplacement des anomalies de voie et les mesures correctives requises.  

2003

Amtrak termine l'année avec un nombre record d'usagers de plus de 24 millions de passagers sur son réseau national.

2004

Le service vocal automatisé « Ask Julie » est classé parmi les meilleurs systèmes de réponse vocale par Speech Technology Magazine.

Amtrak obtient un brevet pour un nouveau système de joint de rail à onglet épais pour fournir des joints améliorés entre les sections de voie fixes et mobiles verticalement. 

2005

Amtrak et l'État du Wisconsin ouvrent la gare Milwaukee General Mitchell Airport, une autre étape du voyage multimodal. Conçue dans le style des Prairies pour rendre hommage à Frank Lloyd Wright, originaire du Wisconsin, la gare est particulièrement appréciée des migrants quotidiens entre Chicago et Milwaukee.

2006

Le projet d'amélioration du Keystone Corridor, un partenariat entre Amtrak et le Commonwealth de Pennsylvanie, franchit une étape importante avec la restauration du service de train entièrement électrique. Le nombre total d'allers-retours du service Keystone en Pennsylvanie passe de 11 à 14 avec des vitesses allant jusqu'à 110 mi/h.

Avec le soutien de l'État de l'Illinois, des fréquences supplémentaires sont ajoutées aux liaisons de Chicago à Carbondale (Saluki), de Chicago à Quincy (Carl Sandburg) et de Chicago à Saint-Louis (Lincoln Service). 

2007

Amtrak commence le service de chariots et de boissons au siège sur certains trains Acela Express.

Amtrak encourage les partenariats avec les communautés souhaitant investir dans leurs gares en lançant le site Web Great American Stations avec des études de cas, des informations sur les subventions et d'autres ressources. Amtrak avait déjà fait un don de 2 millions de dollars à la Great American Station Foundation, créée pour aider les communautés à réparer et à améliorer leurs gares.

2008

Amtrak installe un générateur d'énergie éolienne et des panneaux solaires dans son chantier de Chicago pour alimenter le système de signalisation avec de l'énergie renouvelable.

Un effort de plusieurs années pour remplacer la travée de levage du pont de la rivière Thames dans le Connecticut est terminé. Les aspects historiques du pont ont été conservés sans sacrifier la sécurité et l'efficacité opérationnelle du 21e siècle le long du Northeast Corridor très fréquenté.

2009

Amtrak lance son programme Mobility First pour rendre les gares plus accessibles aux passagers handicapés.

Le Commonwealth de Virginie finance un aller-retour quotidien du Northeast Regional entre Washington, DC et Lynchburg. En un an, le nouveau service a enregistré plus de 126 000 voyages, soit une augmentation de 147 % par rapport à l'estimation initiale de 51 000. En quelques années, le service ferroviaire voyageurs est étendu à Richmond et rétabli à Norfolk et Roanoke.