1990

Amtrak termine l'installation de la commande automatique de train sur toutes les locomotives du Northeast Corridor.

Avec le soutien financier de l'état de Caroline du Nord, Amtrak initie le Carolinian de New York à Charlotte.

1991

Caltrans et Amtrak lancent le service Capitol Corridor entre San Jose et Sacramento. Le service se développait rapidement et s'étendait vers l'est jusqu'à Auburn, en Californie.

Amtrak redéfinit l'art déco classique de la gare 30th Street Station de Philadelphie après une rénovation de trois ans d'un montant de 75 millions de dollars. À New York, il regroupe tous les services de Penn Station pour une plus grande efficacité après l'achèvement de l'Empire Connection en partenariat avec l'État de New York.

1992

Amtrak et Metra unissent leurs forces pour achever la rénovation à 32 millions de dollars de la gare Union de Chicago, y compris l'enlèvement de la peinture occultant du puits de lumière Great Hall, un vestige de la Seconde Guerre mondiale.

Amtrak se fait livrer de 20 nouvelles locomotives diesel P32-8BWH équipées de la première nouvelle génération de moteurs GE.

1993

Amtrak reçoit 22 locomotives P40 conçues selon les spécifications des ingénieurs industriels d'Amtrak pour une efficacité énergétique, une sécurité et une esthétique accrues.

1994

Amtrak achève la première phase de modernisation du centre de contrôle de New York Penn Station, remplaçant la technologie des années 1910 pour une plus grande efficacité opérationnelle.

1995

Amtrak entre dans l'ère d'Internet avec le lancement d'Amtrak.com. Le site offre des informations sur les services Amtrak et offrirait des capacités de réservation en ligne deux ans plus tard.

Les spectateurs du coloris automnal et les skieurs célèbrent le lancement du Vermonter. Soutenu financièrement par l'État du Vermont, il offre un service ferroviaire voyageurs entre Washington, DC et St. Albans, Vermont.

1996

Lors d'une tempête de neige historique de janvier, Amtrak est le seul mode interurbain à maintenir le service du Northeast.

Amtrak, avec le soutien financier du Vermont, lance l'Ethan Allen Express, offrant le premier service ferroviaire direct entre New York et Rutland, VT, en plus de 40 ans.

1997

Amtrak reçoit 111 nouvelles locomotives diesel P42. Ces moteurs plus légers et plus aérodynamiques offrent un meilleur rendement énergétique tout en générant plus de puissance que les modèles précédents.

Le service Metroliner d'Amtrak entre Washington DC et New York établit un record d'achalandage de 2 081 326, soit une augmentation de 20 000 par rapport au record précédent.

1998

Amtrak s'associe à neuf États pour proposer la Midwest Regional Rail Initiative afin de développer un système de train à grande vitesse de 3 000 miles pour la région, qui augmentera considérablement le service tout en réduisant les temps de trajet. 

La marque « Amtrak Cascades » est introduite sur les trains circulant dans le corridor Eugene-Portland-Seattle-Vancouver, en Colombie-Britannique, grâce à un financement de partenariat du ministère des Transports de l'État de Washington et du ministère des Transports de l'Oregon. 

1999

Avec le soutien financier de l'État de l'Oklahoma, Amtrak réintroduit le service de passagers quotidien entre Oklahoma City et Fort Worth sur le Heartland Flyer.

Les voitures Amfleet remises à neuf émergent du programme « Capstone » avec un confort amélioré, des commodités et des logements conformes à la loi américaine sur les personnes handicapées.